Desmond tem sua memória genética interrompida de maneira inesperada com a chegada dos agentes da Abstergo, liderados pelo cientista Warren Vidic. Rebecca Crane e Shaun Hastings, comparsas de assassino, preocupam-se em desmontar os equipamentos enquanto Lucy Stillman ajuda Desmonda deter os inimigos (no final de Assassin's Creed 2). Minutos depois, em um furgão, Lucy leva todos para um lugar seguro. Durante a viagem, Rebecca liga a Animus 2.0 para que Desmond tente reviver uma das ultimas memórias de Ezio Auditorena esperança de encontrar a maçã do Éden (Apple of Eden), artefato capaz de evitar o fim da raça humana, anunciado por Minerva. Mas algo acontece e Desmond acaba acessando uma memória diferente.